В 2005 году автовокзалы и автостанции, подведомственные министерству транспорта и дорожного хозяйства были реорганизованы путем объединения (слияния) в государственное предприятие «Автовокзалы и автостанции». Новая структура была зарегистрирована 22 июня 2006 года и начала свою деятельность 1 июля того же года. Сегодня предприятие работает в подчинении министерства транспорта и дорожной инфраструктуры. В подчинении предприятия «Автовокзалы и автостанции» находятся 29 филиалов (вокзалы и автостанции) и 13 касс, расположенных на территории республики.
Уставный капитал предприятия составляет 22 732 633 леев. Администратором предприятия является Штефан Виеру. Один из бывших руководителей ГП «Автовокзалы и автостанции» Владислав Зара в настоящее время – глава Агентства по лекарствам.

На местных выборах 2015 года двое сотрудников предприятия баллотировались по спискам Демократической партии Молдовы на должность советника муниципального Совета Кишинева: Серджиу Попович (юрист и заместитель администратора – № 43) и Юрий Мороз (бухгалтер-экономист и заместитель администратора – № 54).

Основной вид деятельности ГП «Автовокзалы и автостанции» – реализация проездных билетов, что составляет 78,6% от общего объема продаж.
 
Предприятие находится на 34-м месте в списке крупных налогоплательщиков в государственный бюджет в 2015 году, но кажется, войдет и в список предприятий, которые нанесли государственному бюджету крупный ущерб.
14 июля НЦБК объявил, что трое сотрудников предприятия и хозяйствующий субъект подозреваются в присвоении чужого имущества и причинении ущерба ГП на сумму более 4 млн. леев, что эквивалентно чистой прибыли, полученной предприятием в 2015 году (около 4,54 млн. леев).
В ходе уголовного преследования было установлено, что в 2010 – 2016 годы должностные лица ГП «Автовокзалы и автостанции» с ответственными лицами одной из транспортных компаний, ввели в информационные программы неверные данные о продаже билетов, деньги (около 4, 5 млн леев) были переведены на банковских счет хозяйствующего субъекта в Сороках.

Схема с несуществующими билетами была не первой мошеннической схемой на предприятии. В 2009 году пресса писала, что около двух лет ГП продавала билеты пассажирам международных рейсов с комиссией в размере 4% от их стоимости. Схема была раскрыта Агентством по защите конкуренции (ныне Совет по конкуренции.). Хозяйствующий субъект, которого признали виновным во взимании комиссии, мотивировал это тем, что продажа билетов на международные рейсы выполняется с помощью „ уникальной компьютерной программы по продаже проездных билетов”, которая включает в себя материальные и человеческие затраты. Комиссия была признана необоснованной и по требованию бывшего Агентства транспорта должна была быть отменена, но администрация предприятия не выполнила его и продолжала взимать комиссию. Впоследствии отмена комиссии была утверждена Агентством по защите Конкуренции.

Два года спустя предприятие снова оказались в поле зрения Агентства по защите конкуренции, которое установило, что ГП «Автовокзалы и автостанции» продолжает злоупотреблять своим доминирующим положением на рынке в ущерб клиентам. Услуги, оказываемые ГП, как и в случае с ГП «Железная дорога Молдовы» не имеют конкурентов. Так, учреждение по защите конкуренции заявило в 2011 году, что ГП «Автовокзалы и автостанции» незаконно взимает плату за предварительную продажу билетов (3 лея для национального рейса и 3% для международных), плату за въезд на территорию вокзалов личного транспорта (5 леев, на практике применяется и в настоящее время), плату за парковку транспорта на территории вокзалов (10 леев). И на этот раз Агентство по конкуренции потребовало отмены этих незаконных платежей, вменив предприятию штраф в размере 700 тыс. леев (эквивалент незаконных доходов предприятия в 2010 году). Тогда расследование в отношении предприятия было начато Агентством по конкуренции по просьбе Влада Плахотнюка, который на тот момент являлся вице-спикером парламента.

И в 2008 году предприятие находилось в поле зрения СМИ. ZDG писала, о том, что многие из пассажиров на внутренних маршрутах путешествуют без билета, таким образом ГП «Автовокзалы и автостанции» ежегодно теряет десятки тысяч леев. В этом случае виновными являются водители, которые позволяют или даже просят пассажиров не покупать билеты. Это практика актуальна и сегодня.